建章立制，规范管理。中心制定了系列规章制度，并引入学院的相关规章制度进行全方位管理。内容包括人员管理、经费管理、设备管理、教学管理和档案资料管理等五个方面，这一系列规章制度使中心各项工作均有章可循、有据可依。
在每个实验室内张贴实验室管理的各项规章制度；实验教师在开课的前一学期就上报实验所需的实验条件；每次实验课均通过《实验室运行运行表》记录学生实验状况，动手能力差的学生实行跟踪辅导、重点教育；采取实验中期写“实验小结”、期末填写“实验调查统计表”的方式，了解和听取学生的意见和建议。
已制定的实验室仪器管理的规章制度主要有：《网站管理规定》、《上网管理规定》、《计算机实训教室管理制度》、《网络安全管理规定》、《计算机网络管理规定》。
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